1973年2月10日，假面骑士1号和2号联手挫败秘密结社修卡的阴谋和势力，世界重归和平。谁知神秘莫测的假面骑士3号突然现身，他拥有远超于1号和2号的强大实力，并且原样继承了修卡的邪恶基因。1号和2号虽然奋力迎战，但最终双双败于这位可怕对手的脚下。好不容易迎来的和平转瞬即逝，世界重新落入黑暗之中。
时光流转，不知不觉迎来了2015年，地球已经全面被修卡所掌控，而假面骑士们也分化成善恶两派。人数本就不多的正义骑士，在修卡以及邪恶骑士的残酷打压下日渐萎靡，命悬一线。泊进之介(竹内凉真饰)是隶属于修卡特状课的一名成员，他原本并未察觉自身所在团体的邪恶本质，但当目睹修卡利用儿童当盾牌的卑鄙行径之后，进之介的内心受大巨大冲击。
“守护孩子们的梦想，点燃希望之光，这才是真正的假面骑士！”
在假面骑士BLACK南光太郎(倉田てつを 饰)的言语感召之下，进之介体内的阴霾烟消云散，正义的灵魂慢慢苏醒。而就在此时，假面骑士3号的变身者黑井响一郎(及川光博 饰)出现在他的面前。黑井极大地鼓舞着这个迷惘的青年，号召所有正义者掀起反叛大旗，推翻修卡的统治。而令进之介怎么也想不到的是，黑井正是打败了1号和2号并彻底改写地球历史的罪魁祸首。
被全然改写的黑暗历史，正义与邪恶较量竞争，最终地球将迎来怎样的未来？
剧情版本二：
这是和本来不同的假面骑士历史。
1973年2月10日，和邪恶的秘密结社修卡抗争的假面骑士1号和假面骑士2号面前，出现了修卡制造出的最强的战士假面骑士3号。1号和2号被3号的压倒性力量所击败后，修卡正式征服世界成功。
然后时间流转到现代，由于修卡的关系人类已经被消灭殆尽，后世的假面骑士们的存在也分裂为正义和邪恶的。正义的一方为守护剩余不多的人类而战；邪恶的则作为修卡的手下并为了消灭前者而行动着。
一天，修卡手下的假面骑士Drive/泊进之介遇上了假面骑士3号变身者黑井响一郎，不知怎的事情就演变成了和他一起和修卡对战。另一方面，正义的假面骑士们为打倒修卡而所必要的行动开始了。
关于《超级英雄大战GP 假面骑士3号》的N件事
假面之父石之森章太郎于1972年《别册たのしい幼稚园》10月号曾发表《3号骑士对黑将军之卷》，作为梦幻骑士的假面骑士3号正式诞生，但当时制作团队仅推出了《假面骑士 V3》，3号企划雪藏至今。
本片在日本国内307块银幕上同时公映，首映前两日总共动员约14.57万人入场观看，票房收入约为1.87亿日元，首周初登场排名第六位，观众满意度排名第四位。
东映英雄特摄的“超级英雄大战”系列此前已推出三部：《假面骑士×超级战队超级英雄大战》《假面骑士×超级战队×宇宙刑事 超级英雄大战Z》《假面骑士大战平成骑士对昭和骑士 feat. 超级战队》。
影片主题歌《Who"s That Guy》由及川光博演唱。
制作方还创作了驾驶飞机的假面骑士4号的全新角色，2015年3月28日起通过网络公开全3话作品。在本片公映期间，最先入场的100万名观众有幸得到了第一话的DVD赠品。
踏入影视圈已20周年的及川光博，在谈论20年后的梦想时，称希望在自己60岁的时候能出演假面骑士系列的大反派死神博士。
竹内凉真称样片中及川光博变身假面骑士3号的过程简直帅呆了，他还用手机拍摄了照片作纪念。
制作方在东京的新宿站内张贴了一副长14.56米、高2.6米的超大宣传广告，排列着历代假面骑士的照片，宣传语为“敬告全国民众，我方势将假面骑士一网打尽，3月21日之际世界归我修卡所有”。
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