在第二季结尾故事经历了一场大变革：William Bell死了，Olivia被平行世界俘虏了，Olivia-nate（我还是不喜欢用Bolivia这个称谓）跟随Peter和Walter来到了我们的世界，Walter和Peter的关系难以弥合，Walternate酝酿着一个大阴谋，Peter成为毁灭（或拯救）世界的关键，「末日机器」正式亮相。
由于全体剧组成员都签署了保密协议，因此我们对第三季的了解非常少。但有一点可以肯定：两个Olivia是第三季前半段的关键情节线索。Olivia-nate遵照Walternate的指示，使用一切手段诱惑Peter。她的最终目的或许是要把Peter弄回去，但在此期间，她将着手对付边缘案件调查组的每一个人。而真正的Olivia困在平行世界里，Walternate企图撬开她的嘴，弄到他想要的情报。
除此之外，一些配角在第三季中将有更多戏份。William Bell死后，Nina Sharp成了Massive Dynamic的头号人物，她的作用也随之增强。平行世界边缘案件调查组的首席调查员Lincoln Lee在第二季结尾被严重烧伤，但是并没有死。他会出现在第三季中，并且与Olivia-nate的关系不一般。他很有可能会帮助逃脱Walternate控制的Olivia。Charlie（ Kirk Acevedo）本季会有更多出场机会。第三季还将进一步描述Broyles-nate的故事，包括他在平行世界的妻子和家庭。当然，Walternate的阴谋是最让人感兴趣的。
尽管第三季倾向于连续方式，但每集故事依然有完整的开局、过程和结局。在前八集里，故事会交替发生在两个世界之间－－平行世界一集，我们的世界一集，如此循环。但这也会让Peter至少消失四集。
制片人仍希望已经退休的Leonard Nimoy回来继续演出William Bell，但这些老先生至今没有松口。
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