黄飞鸿(张卫健饰)，黄麒英的儿子，不但功夫好，且为人侠义为怀，在「宝芝林」赠医施药，誉满广东。
当地另一武馆馆主洪霸妒忌他，邀请高手仇千丈(释行宇饰)来粤，要在醒狮大会上痛击飞鸿。果然，在醒狮大会上，飞鸿与徒弟林世荣(林子聪饰)，梁宽(郑晓东饰)，牙擦苏(张嘉伦饰)等，遭到仇千丈及洪霸的伏击；幸好得师叔苏乞儿(王晶饰)之助，终击败仇千丈而夺标。洪霸把仇千丈及其患了重病的妻儿赶走，飞鸿相助千丈，不料阴差阳错，无法医好仇妻儿的病。他们死后，仇千丈极度哀伤，竟迁怒于飞鸿，发誓有生之年，非击败黄飞鸿不可。
黄麒英早为飞鸿说定，与方家留洋学医、刚刚归国的大小姐芷桦 (陈炜饰)的亲事。芷桦私下往醒狮大会看看飞鸿的卢山真面目，怎知当时舞狮头的是林世荣，芷桦误会了他便是飞鸿，也顾不了父母反对，即逃往香港。
黄麒英命飞鸿带众徒往香港开设宝芝林分馆。飞鸿师徒到达香港后，几经艰苦才得到香港富商周炳(李国华饰)的帮助，开设了宝芝林分馆。此时却来了个日本武痴，武田秀一(吴庆哲饰)，向飞鸿挑战。他的妹妹武田静香(小王晶饰)柔情似水，对飞鸿一见钟情，飞鸿亦对她大有好感。二人感情慢慢滋长，却因她是日人，飞鸿备受压力……
飞鸿徒弟也在香港各自碰到另一半，展开感情。林世荣在街市内遇上卖菜莲，牙擦苏邂逅了芷桦的丫头哨牙珍，至于梁宽，却与漂亮的小偷──小云雀成了一对欢喜冤家，渐生情愫。
飞鸿终和秀一较量。胜败未分之际，仇千丈出现了，并学会了失传已久的铁头功，乘飞鸿和秀一恶斗之时，予飞鸿千钧一击。飞鸿实时晕倒，到他醒来时，却失忆了。林世荣、梁宽等出尽办法医治飞鸿，都失败了。反而，芷桦因医治飞鸿，日日相处，两人真真正正的坠入了爱河。
这时，昔日被飞鸿打败的敌人统统乘人之危，要置「宝芝林」于死地，尤其是外表英俊，应对得体，其实阴险、毒辣的小人周继祖。他为了夺取叔叔周炳的家财，先用慢性毒药毒死周炳唯一的亲生儿子，然后把使自己过继给周炳。岂料，此时竟发现飞鸿的徒弟梁宽，原来是周炳多年前失散了的私生子，周炳还更改遗嘱，打算将全部财产留给梁宽，令继祖咬牙切齿。但飞鸿失忆后，继祖再无顾忌，勾结日本驻香港领事山本，将「宝芝林」赶尽杀绝。同时，周炳被继祖设计害死，并窜改遗嘱，独吞了周家的遗产。梁宽母子被赶出周家，幸得小云雀不离不弃，一双小情侣患难见真情，终结为夫妇。
在芷桦的悉心照料下，飞鸿终于恢复了记忆，但在他被继祖及山本陷害入狱时，静香曾牺牲自己，救出飞鸿。静香虽不求回报，但飞鸿不能负义，他决定与静香结婚，放弃芷桦。芷桦伤感，但也无怨言。
一夜，山本忽然派人请静香前往日本领使馆。原来，秀一揭发了山本私下贩卖军火的罪行，却被山本捉住，但秀一较早前已将山本的犯罪证据交给静香。山本便是利用秀一逼静香交出犯罪证据。为了拯救胞兄，静香只身犯险，结果兄妹二人同遭毒手。但静香却没把犯罪证据交出，反而藏在领使馆里，山本翻天覆地也找不到。
静香死后，飞鸿茶饭不思，有如行尸走肉，一众徒弟爱莫能助。周继祖得势不饶人，收回宝芝林的地铺，令黄飞鸿师徒等人无处容身。此时，梁宽发现父亲是继祖暗中毒杀的，为了报仇，他不惜投靠山本。山本软禁了小云雀，要宽当众挑战黄飞鸿。梁宽无奈就范，结果出人意外，飞鸿竟然在众目睽睽之下被梁宽击倒，从此声名一落千丈…
为了刺激飞鸿重新做人及暗中调查继祖害死周炳的罪证，芷桦不惜答应继祖的求婚。就在继祖迎娶芷桦的当天，飞鸿及时赶到，揭穿了继祖的真面目，继祖终于伏法。
原来，梁宽的背叛，也是飞鸿一手策划的，让梁宽接近山本，寻找其犯罪证据。山本也知道，不铲除飞鸿等人，就永无宁日。所以他也从日本请来忍术高手，预备与飞鸿等决一死战。
这一场正义与邪恶之战，飞鸿绝不能输……
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