在险恶的日据时代，赛德克族被迫失去自己的文化信仰，男人须服劳役不得狩猎、女人帮佣不能编织彩衣，骁勇善战的英雄莫那鲁道（林庆台 Ching-tai Lin 饰），见证三十年来的压迫统治。因一场误会种下日警和赛德克族的紧张关係，自此族人便活在恐遭日警报复的阴霾中，忍辱负重的莫那鲁道在深思后，虽知将面临灭族危机，但他明白唯有挺身为民族尊严反击，才能成为真正的赛德克人，于是决心带领族人循着祖灵之训示，夺回属于他们的猎场。
上集：太阳旗
上集以象征日本的《太阳旗》为名，由1895年日军占领台湾开始，演至1930年雾社事件，并酝酿着眼于雾社公学校事件爆发前后的描述。
昭和5年10月27日（西元1930年），台湾总督府为纪念北白川宫能久亲王被杀，而举行台湾神社祭，雾社地区则照例举行联合运动会。当联合运动会开幕，所有日人、警察及其眷属齐聚公学校之际，赛德克雾社群之马赫坡、荷戈、波亚伦、斯库、罗多夫、塔罗湾等六部落赛德克族人，由雾社群马赫坡社头目莫那·鲁道率领发难。
当日清晨，雾社公学校（现今台电万大电厂雾社分部）运动会，由能高郡守小笠敬太郎主持开幕典礼，其他日本人都前来观礼，这时候预先埋伏的赛德克勇士，在莫那·鲁道攻击号令下，立刻展开猛烈的突袭，在一阵毫无预警的混战中，将运动场内134位日人一一撂倒砍杀。
另一方面，莫那·鲁道命令次子巴索·莫那（Baso Mona）潜入马赫坡山取材地、袭击日警，并命长子达多·莫那（Tado Mona）潜入马赫坡社警察驻在所，亦将日警及其眷属全数枪毙。后分成数队，切断日人对外的所有电话线路，陆续袭击各部落之警察驻在所，掳擭弹药、枪械。借此向雾社地区的各个部落宣告，反暴统治之圣战已经开打，终致纷纷群起响应。
在震惊愤怒之余，日军旋即调度派遣驻扎台中、花莲的步兵与警力，区分两路向雾社方面挺进；莫那·鲁道率领族人抗敌缠斗、辗转退守马赫坡石窟。一场双方分别为了资源与报复围剿、祖灵与灵魂尊严的异族战端，就此揭开序幕。
下集：彩虹桥
下集《彩虹桥》则进一步描述日军大队兵力进犯，与莫那·鲁道带领赛德克族浴血抵抗的过程，并深入刻画族人从容牺牲后，越过彩虹桥回归祖灵的故事。
接续上集赛德克族发动公学校冲突事件，致使日人遭遇殖民占领以来最大的统治危机后，日本驻台陆军少将镰田弥彦衔命调动高达三千名以上的军警，挟以山炮、机枪等优势武力，联合前往雾社讨伐。
另一方面，原先对部落友善的巡查小岛源治，也因自己的妻儿在运动场上死于非命，愤怒痛苦地完全失去理智，而强迫莫那·鲁道的世仇、屯巴拉社头目铁木·瓦力斯出兵，协助日人打这场毫不擅长的山区游击战。
然而，世代山居的赛德克族熟悉当地绝壁地势，导致增援的日军部队始终久攻不下，伤亡无数。眼看清剿不力，日军于是改以派遣飞机投掷毒气弹，形成了原住民以猎枪、柴刀、木棍等原始武器，对抗飞机、大炮的局势。经过近一个月的激烈对峙，抗日族人死伤惨重；赛德克妇女此时也为了使自己孩子、丈夫无后顾之忧，于是纷纷先行上吊自缢；残存的男人们则在脸孔纹上赛德克记号，誓死抵抗、宁死不屈。
原本发誓要一天拿下雾社的镰田弥彦，至此也不得不衷心佩服莫那·鲁道的骁勇善战，深深感叹：“三百名战士抵抗数千名大军，不战死便自尽！为何我会在这遥远的台湾山区见到我们已经消失百年的武士精神？是这里的樱花开得太红艳了吗？”
为了灵魂自由，不惧牺牲战死的赛德克族人与勇士，越过彩虹桥、回归祖灵的旅程也于焉展开。
11月26日，当刘嘉玲、陈国富和侯孝贤在台上念出“赛德克•巴莱”几个字的时候，守候在新闻中心里的台湾记者们顿时爆发出一阵热烈的欢呼。在此之前，金马奖已经把最佳导演、影帝和影后三个最重要的奖项全都拱手送给了代表香港来参赛的《桃姐》，如果连最佳剧情片也旁落的话，那几乎就是宣告了本年度所谓“中兴”的台湾电影只不过是局限于本土的一场自娱自乐式的狂欢。
虽然《赛德克·巴莱》在岛内的票房收入没能达到赢利点，但是，魏德圣拍摄了前所未有的台湾大片。要谈论《赛德克·巴莱》，那开篇部分必然会是不同版本的考证。因为观看的版本不同，那也会直接影响对电影本身的评价。就以删减版的《美国往事》和《天堂电影院》为例，其故事甚至发生了实质改变，观众很容易偏离作者意图。 《赛德克·巴莱》的第一个版本是威尼斯电影节放映的国际版（电影节版），片长150分钟，映后反馈以恶评为主。尤其是内地记者和影评人，清一色的狂殴痛骂，此举也引发了台湾媒体的反击。后来魏德圣解释说，这个版本不是自己剪的，它是为了赶时间参赛，吴宇森公司那边剪出来的。
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